Orgeneral Aydoğan Babaoğlu, 1944 Yılında Havza/Samsun’da Doğmuştur. 1964 Yılında Hava Harp Okulundan, 1965 Yılında Uçuş Okulundan Mezun Olmuştur.
1974 Yılına Kadar Hava Kuvvetleri Bağlısı Çeşitli Birliklerde Filo Kol Uçuculuğu Yapan Orgeneral Babaoğlu, 1976 Yılında Hava Harp Akademisinden Mezun Olmuş, Ardından Kurmay Subay Olarak; 4’üncü Ana Jet Üs Komutanlığında Kol Uçuculuğu, Filo Eğitim Subaylığı, Üs Harekat Kısım Amirliği, Filo Harekat Subaylığı İle Filo Komutanlığı, Hava Harp Akademisi Öğretim Üyeliği, Napoli/İtalya’da Güney Avrupa Hava Kuvvetleri Komutanlığı (Aırsouth) Plan Prensipler Başkanlığında Şube Müdürlüğü, Genelkurmay Plan Harekat Dairesinde Şube Müdürlüğü, 4’üncü Ana Jet Üs Harekat Komutanlığı Ve Kontrol Heyet Başkanlığı Görevlerini Yürütmüştür. Org. Aydoğan Babaoğlu, 1979 Yılında Silahlı Kuvvetler Akademisinden, 1984 Yılında Abd Hava Üniversitesi Hava Harp Kolejinden Mezun Olmuştur.
1991 Yılında Tuğgeneralliğe Terfi Etmiştir. Tuğgeneral Rütbesi İle 6’ncı Ana Jet Üs Komutanlığı Ve Hava Kuvvetleri Plan Program Daire Başkanlığı Görevlerinde Bulunmuş, 1995 Yılında Tümgeneralliğe Terfi Etmiştir. Tümgeneral Rütbesi İle Hava Kuvvetleri Personel Başkanlığı Ve Hava Harp Okulu Komutanlığı Görevlerini Yürütmüş, 1999 Yılında Korgeneralliğe Terfi Etmiştir. Korgeneral Rütbesi İle Hava Kuvvetleri Kurmay Başkanlığı, 2’nci Taktik Hava Kuvvet Komutanlığı Ve Genelkurmay Genel Plan Ve Prensipler Başkanlığı Görevlerinde Bulunduktan Sonra , 2005 Yılında Orgeneralliğe Terfi Etmiştir. Orgeneral Rütbesi İle Harp Akademileri Komutanlığı Görevinde Bulunmuş Ve 2007 Yılında Hava Kuvvetleri Komutanlığına Atanmıştır.
30 Ağustos 2008 tarihinden geçerli olarak görev süresi bir yıl uzatılmıştır.
Bayan Ayşe Dilek Babaoğlu ile evli olan Orgeneral Aydoğan Babaoğlu’nun iki çocuğu vardır.
İngilizce bilmektedir.
