1928 yılında İstanbul'da doğan Onat, Galatasaray Lisesi’ndeki eğitiminin ardından 1952 yılında Güzel Sanatlar Akademisi Mimarlık Bölümü'nden mezun oldu. 1956 yılında Bina Bilgisi Dalı'nda Arif Hikmet Holtay'ın asistanlığını yaptı. 1960 yılında burslu olarak bir yıl İtalya'da kaldı, İtalyan Toplu Konut Sistemi'ni (Ina CASA) inceledi.
Türkiye’ye döndükten sonra Atölye Öğretmenliği görevinde bulundu. Konutlardan sanayi yapılarına geniş bir yelpazede ürünler veren Prof. Muammer Onat mimari ve kentsel planlama yarışmalarında aldığı birçok ödülün yanısıra birçok önemli yarışmada da jüri üyeliğinde bulundu.
Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi emekli öğretim üyelerinden Prof. Dr. Muammer Onat, 28 Ekim 2009 tarihinde vefat etti. Cenazesi 30 Ekim 2009 Cuma Günü, MSGSÜ Mimarlık Fakültesi'nde düzenlenen anma toplantısının ardından Teşvikiye Camisi'nde kılınan öğle namazından sonra defnedildi.
