Sultan Bâyezid, Kadi Burhaneddin'in ülkesini kendi ülkesine ilhak ettikten sonra Bursa'ya dönmüstü. Bundan kisa bir müddet sonra 15 Sevval 801 (20 Haziran 1399) günü vefat eden Memlûk Sultani Berkuk'un bu ani vefati, gerek ülkesinde gerekse disarda bazi tesirlerin meydana gelmesine sebep olmustu. Timur'un, kendisinden çekindigi Berkuk'un ölümüne sevindigi anlasilmaktadir. Nitekim Ibn Hatib en-Nâsiriya'nin bildirdigine göre Berkuk'un ölümünden büyük bir ferah ve sevinç duyan Timur, ölüm haberini getirene 15.000 dinar vermisti. Ibn Arabsah ise, Hind seferinde iken bu haberi alan Timur'un sevinçten adeta uçtugunu tasvir eder.
Memlûk Sultani Berkuk'un ölümü üzerine yerine geçen oglu Ferec'in küçük ve tecrübesiz olmasi yaninda emirler arasinda meydana gelen ihtilaflar ayni zamanda Yildirim Bâyezid'i de memnun etmis görünmektedir. Sayet Ahmedî'nin verdigi bilgileri dogru kabul edersek Yildirim'in da buna sevindigini söyleyebiliriz. Fakat bu sevincin dogrudan dogruya ve sadece ölüm sebebiyle mi yoksa baska bir maksattan mi kaynaklandigi belirtilmemektedir. Ahmedî bu konuya bir açiklik getirmeden söyle der:
"Buni isidüb Sam'a ol kasd eyledi
Misir benüm oldi deyü söyledi.
Demedi ol öldi ben dahi ölürem.
Söyle kim ol oldi ben dahi oluram."
Gerçekten, Ferec'in küçük ve tecrübesiz olmasi, o esnada Timur'un da Hindistan'da büyük bir istila ile mesgul olmasini firsat bilen Bâyezid, daha önce Anadolu Selçuklulari ülkesinde iken bilahare Misirlilar eline geçmis olan bölgelerin zaptina karar verir. Bunun için daha önce Kadi Burhaneddin'e ait oldugunu belirttigi Malatya'nin kendisine verilmesi için Nasirüddin Ferec'e bir elçi gönderir. Red cevabi almasi üzerine Sivas'tan Malatya'ya gider. Sehrin müdafaa edildigini görünce sehri kusatir. Bu kusatmanin devam etmesinin aleyhlerine olacagini anlayan Malatyalilar teslim olur. Yildirim, oraya bir miktar asker koyarak geri döner. Bu arada Memlûklara ait Kâhta, Besni, Divrigi ve Darende kaleleri de Osmanlilara geçmis olur. Böylece Elbistan da, Orta Firat havzasina kadar uzanan Osmanli hududu içine girmis olur.
Misir'da meydana gelen saltanat degisikliginden istifade ile Malatya ve çevresini alan Yildirim Bâyezid'e karsi kader, baska bir sekilde tecelli edecekti. Bu tecelli de Ahmedî'nin dedigi sekilde olacakti.
Misir'da meydana gelen sarsintiyi dikkatle takip edenlerden biri de süphesiz ki Timur'du. O, Osmanlilar ile Memlûklular arasindaki çatismayi çok iyi degerlendirip her iki düsmanini ortadan kaldirmak için zamanin geldigine karar verir. Timur, 1400 yilinda Azerbaycan ve Dogu Irak'ta hâkimiyetini yeniden kurduktan ve Gürcistan'i zapt ettikten sonra Pasinler'e dogru yol almaya baslar. Bu sirada Bâyezid'e itaati kabul etmeyen Erzincan Emiri Mutahharten Bey ile Bâyezid tarafindan beyliklerine son verilen Mentesoglu, Saruhanoglu Hizir Sah, Germiyanoglu Yakub Bey, Aydinoglu Isa Bey'in oglu Musa Bey, Timur'a bas vurarak kendisine olan bagliliklarini bildirip topraklarini geri almak için yardim isterler. Buna karsilik, Timur'un önünden kaçan ve Bagdad'da hüküm süren Celayirli Sultan Ahmed ile Karakoyunlu hükümdari Kara Yusuf, Sultan Bâyezid'e siginirlar. Bunlara büyük bir iltifat gösteren Bâyezid, Sultan Ahmed'e Kütahya sehrini, Kara Yusufa da Aksaray'i ikamet yeri olarak tahsis eder. Ayrica bu sehirlerin gelirlerini de onlara verir.
Bu iki düsmaninin, Bâyezid tarafindan kabul ve himaye edilmesi, zaten savasmak üzere Anadolu'ya gelmis olan Timur'a savas için bir firsat verir. Iki hükümdar arasinda teati edilen mektuplar müsbet bir netice vermez. Hatta Timur, Osmanli idaresindeki Sivas'a girerek (Agustos 1400), sehri savunan herkesi kiliçtan geçirtti. Timur, yalniz Sivas'i tahrib ile kalmamis, hatta kendisini mushaflar (Kur'an ve Kur'an sayfalan) ve tevhidler ile karsilamaya çikan çocuklari, ordusundaki atlarin ayaklari altinda çignetmistir. Âli'nin, Künhü'l-Ahbar (III, s. 96)'inda zikr edilen bu vak'a, Timur ile ayni zamanda yasamis olan Ermeni tarihçisi Thomas de Medzoph tarafindan da kayd edilmistir. Böyle bir katliamdan sonra Sivas adeta bir harabeye dönmüs oldu. Timur, daha sonra güney istikametinde hareket ederek Malatya ve Suriye'yi isgal eder. Gerek Haleb, gerekse Suriye'nin diger sehirlerinde büyük zulümler yapar. Sam'da (Dimask) büyük bir katliama girisen Timur, sonunda Yezid b. Muaviye'nin kabrini buldurarak açtirir. Kemiklerle birlikte kabri yaktirip içine pislik doldurur.
Timur'un güneye inmesinden istifade eden Bâyezid, Sivas ve Erzincan'i da alarak Timur'a karsi stratejik bir üstünlük saglamaya çalisti. Bir ayaginin sakat olmasindan dolayi Osmanli tarihlerinde "Timurlenk" veya "Aksak Timur" diye isimlendirilen Timur ile Bâyezid arasinda teati edilen mektup ve gönderilen hediyeler de bir fayda saglayamamisti. Zira, Timur'un teklifleri bir bakima Osmanli hükümdarinin diger beyler gibi tamamen kendisine tabi olmasini emr eden bir mahiyet tasiyordu. Nitekim o, Sultan Bâyezid'den su isteklerde bulunuyordu:
1- Kemah'in Mutahharten'e geri verilmesiyle ailesinin serbest birakilmasi.
2- Sehzadelerinden birinin kendi yanina gönderilmesi.
3- Metbuiyet alâmeti olarak kendisine gönderilecek olan külah ile kemerin kabul edilmesi.
4- Anadolu beylerinden alinan yerlerin yine eski sahiplerine iade edilmesi.
5- Kara Yusuf'un kendisine teslimi. Bu esnada Kara Yusuf, Osmanlilar'in yanindan ayrilmis oldugundan istenenin Kara Yusuf'un ailesi oldugu anlasilmaktadir. Yildirim Bâyezid gibi bir hükümdar için çok olmasina ragmen o, bu sartlan degerlendirmek için çevresiyle istisarede bulunur.
Bununla beraber, bütün bunlara karsi ihtiyatli hareket edilmesini tavsiye eden vezir-i azam Ali Pasa'ya Sultan Bâyezid söyle diyecektir:
"Serefimiz ve karsi koyacak kuvvetimiz vardir. Tâbi olamayiz ve istiklâlsiz yasayamayiz." Bu esnada o, Timur'la meydana gelebilecek bir savasi düsünerek Bizans Imparatoru ile anlasir ve Istanbul muhasarasini kaldirip oradaki askerini geri çeker.