1965 yılında Giresun'un Alucra ilçesinde doğan Ahıshalı, ilk, orta ve lise tahsilini Alucra'da tamamladı. 1987 yılında M.Ü. Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nden mezun oldu. Aynı yıl Başbakanlık Devlet Arşivleri Genel Müdürlüğü Osmanlı Arşivleri Daire Başkanlığı'nda göreve başladı.
1989 yılında Araştırma Görevlisi olarak M.Ü. Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'ne geçti. Aynı yıl M.Ü. Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü Yeniçağ Tarihi Anabilim Dalı'nda Yüksek Lisansa başladı ve 1992 yılında tamamladı. 1993 yılında aynı yerde Doktoraya başladı, 1999 yılında tamamladı.
